Dziewięcioletni Bruno mieszka wraz z rodzicami w willi w Berlinie. Jak każde dziecko ma plany, marzenia, sekrety i niezachwianą pewność, że jego życie się nie zmieni, a już na pewno nie na gorsze, pomimo, że trwa druga wojna światowa. Ale pewnego dnia matka oznajmia mu, że w związku z pracą ojca, o której chłopiec nie ma najmniejszego pojęcia, muszą się przeprowadzić i to w bardzo odległe miejsce. Bruno musi zostawić w Berlinie przyjaciół, ulubione miejsca i wszystko, co składało się na jego codzienność i zamieszkać w o wiele mniejszym domu na zupełnym odludziu. Tu czeka go pierwszy prawdziwy kontakt z wojennym okrucieństwem, choć będący aktem nieświadomym. W okolicy znajduje się bowiem obóz koncentracyjny, a w nim żyje Szmul, syn żydowskiego zegarmistrza. Spotkanie obu chłopców staje się brzemienne w skutki. Połączeni przyjaźnią, staną się sobie równi na poziomie, którego nikt nigdy by nie podejrzewał…
„Chłopiec w pasiastej piżamie” ukazuje wojnę oczami dziecka, a właściwie dzieci, ale nie z tej perspektywy, z którą wojna nam się kojarzy. Nie ma tu frontu, nie ma walk, wielkich wojskowych planów, spektakularnych ucieczek ani misji. Są dwaj chłopcy i to, czego doświadczyli. Pierwszy z nich, Bruno, nie ma najmniejszego pojęcia o tym, co właściwie się dzieje. Nie wie, że ojciec jest niemieckim oficerem, a nawet gdyby wiedział, nie miałby pojęcia co to właściwie znaczy. Konflikt zbrojny nie dotknął go, chłopiec żyje pod kloszem, ale do czasu. Szmul nie miał tyle szczęścia, stracił wszystko włącznie z bliskimi, może nie do końca wszystko rozumie, nie mniej wie, co dzieje się dookoła niego, choć jako dziecko nigdy nie powinien musieć tego wiedzieć. Ich wzajemne relacje mają miejsce na granicy. Rozdzieleni ogrodzeniem z drutu kolczastego, tak bardzo podobni i tak różni zarazem, wciąż trwają w tlącej się w ich niewinności. I to ona, w połączeniu z beztroską naiwnością, porusza najbardziej. Tragedia wisi w powietrzu, a my obserwujemy jej nieuchronność, chociaż nie chcemy by się wydarzyła.